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概要
エックスと頼れる相棒ゼロに、新たな強敵が立ちはだかる。実験的な理想郷ドップラータウンでイレギュラーの暴動を起こしたのは、誰か、あるいは何なのか。科学者レプリロイドの名を冠したドップラータウンは、人間とレプリロイドが共存できる場所になるはずだった。レプリロイドをイレギュラーに変えてしまうウイルスが発見されたあと、ドップラーのワクチンは大成功を収めた。しかしドップラー自身がウイルスに感染し、イレギュラーハンター部隊を倒すためのチームを結成したのだ。ドップラー効果が今まさに現れようとしている。この恐ろしいウイルスを治せるのは、エックスとゼロだけだ！
